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Die Parasiten der von außen zugänglichen Körperhöhlen, Magendarm- und Urogenitaltrakt, lassen sich in einer Reihe betrachten, welche spekulativ die Evolution der parasitischen Nematoden von Saprophyten über Kommensalen nachzuzeichnen versucht. Der bakterienreiche Gärdarm der Herbivoren bietet ähnliche Bedingungen wie ihre Fäzes, in denen sich Nematoden an rasch sich ändernde Bedingungen angepasst haben. Die zweifache Passage der Nahrung bei Hasenartigen (Zaekotrophe) erfordert tagesperiodisch gesteuerte Wanderungen. Bei Omnivoren und noch mehr bei Karnivoren ist die bakterielle Darmflora vergleichsweise spärlich, symbiontische Protozoen fehlen ganz. Damit werden die Lebensbedingungen für Kommensalen härter: Zu dem im Darm besonders reaktiven Immunapparat besteht jetzt unmittelbarer Kontakt. Dem muss nicht nur widerstanden, sondern eigens begegnet werden.
Der nach oraler Aufnahme vom Parasiten in der Präpatenz mit der transentero-somatischen Invasion aufgenommene Gewebekontakt beeinflusst die alternativen Komponenten der Immunreaktion, sodass in der Patenz eine balanzierende Koexistenz erreicht wird. Dabei können humorale Immunreaktionen vom Parasiten als Signale zur Selbstregulation seiner Populationdichte dienen. Zugleich ermöglicht dieser Invasionsweg bei Trächtigkeit des Wirtes Abzweigungen zur Plazenta und Milchdrüse und damit eine generative Übertragung des Parasiten. Bei perkutanem Eindringen erfolgt eine translympho-somatische Invasion mit denselben Optionen. Die generative Übertragung kompensiert die Altersdrift, welche ein Parsit zwangsläufig erleidet (entweder direkt oder statistisch), wenn er im Verhältnis zur Lebenserwartung seines Wirtes lange (d.h. mehrere Propagationsphasen desselben) überlebt. Dies geschieht, wenn der Parasit infolge einer ausbalanzierten und damit nicht schützenden Immunreaktion seinen Wirt mehrmals befallen kann. Die Hypothese des Wettrüstens sollte durch eine der kontrollierten Machtbalance ersetzt werden.
Die menschliche Amöbiasis verläuft in 9 von 10 Fällen ohne Symptome und man unterscheidet zwei morphologisch gleiche, aber genetisch getrennte Arten, die parasitische Entamoeba histolytica s.str. und die kommensalische E. dispar. Beide Arten scheinen sich auszuschließen, sind primaten-spezifisch, die Infektion eine Anthroponose. Jedoch ist E.histolytica s.str. ebenfalls fakultativ pathogen. Der kommensalische Zyklus von Zyste – Trophozoit – Zyste garantiert das Überleben der ausschließlich bakteriophagen Amöbe im bakterienreichen Chymus ohne Intervention der Immunreaktion. Erst wenn die Amöbe in die keimarme Mikroflora des Mucus übertritt, entsteht die pathogene Magna-Form, welche auch RBC pagozytiert und extraintestinal die Gewebeform, welche nur Gewebstrümmer aufnimmt. Beide Formen erzeugen keine Zysten und rufen starke Immunreaktionen hervor, hinterlassen jedoch keine schützende Immunität, die Infektion ist selbst-limitierend. Der Funktionswechsel der Amöbaporproteine von endozytozischer Lyse von Bakterien zu einer exozytotischen von Wirtszellen ist offensichtlich nicht monokausal zu erklären. -- E. histolytica s.str. ist selten mit E. dispar, nie mit anderen Darmprotozoen (Amöben, Lamblien, Ziliaten) vergesellschaftet, E. dispar jedoch fast stets mit 2 – 3 derselben.
Diese Tatsachen sind nur dann biologisch zu verstehen, wenn die Bedingungen im menschlichen Kolon einbezogen werden. Sie können in vitro nicht vollständig nachgeahmt werden, die Kultur der Amöben führt durch mehrere selektive Prozesse, sodass ein Zuchtstamm lediglich als Auszug des ursprünglichen Isolates anzusehen ist. Es fehlt ein chemisch vollständig definiertes Kulturmedium, das absolut frei von Bakterien ist. Im kommensalisch befallenen Wirt trägt die Amöbe zur Stabilisierung der Darmflora bei. Der Übergang zum Parasitismus erfolgt bei einer überoptimalen Fallreproduktionsrate. Bei Amöben freilebender Vertebratenwirte ermöglicht dies eine zyklische Übertragung zwischen Jäger und Beute, welche das betreffende Ökosystem stabilisiert. -- Die freilebenden, thermophilen Gattungen Naegleria und Acanthamoeba wurden meistens post mortem beim Menschen gefunden und sind teilweise neurotrop und einmal eingedrungen hochgradig pathogen.
Die Flagellaten und Ziliaten im menschlichen Magendarm- und Genitaltrakt sind teils kommensalisch, teils schwach pathogen.
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